蛋白检索数据库-武汉天德生物科技有限公司

序号	名称	简介
1	UniProt	https://www.uniprot.org/ （约每 8 周发布一次正式版本） UniProt（Universal Protein Resource）是全球高质量、综合性的免费蛋白质数据库，收录海量蛋白质的序列、结构、功能、相互作用及注释信息。整合 Swiss‑Prot、TrEMBL、PIR 多源数据，序列主要来源于基因组测序项目，同时收录大量文献挖掘得到的蛋白质生物学功能注释信息。
2	Human Protein Atlas	https://www.proteinatlas.org/（每年更新 1–2 次） HPA，人类蛋白质图谱。由多个独立子模块构成，分别聚焦人类蛋白质组不同维度的研究；收录近 30000 种人类蛋白质在组织、细胞层面的空间分布数据，包含大量免疫组化成像图片，数据库开放免费，可查询人类蛋白的组织表达与亚细胞定位信息。
3	NCBI Protein	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/（每日更新）由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的蛋白质数据库，汇集 GenBank、RefSeq、Swiss‑Prot 等多来源的海量蛋白序列，支持蛋白质基础信息检索、序列比对分析等操作。
4	PhosphoSitePlus	https://www.phosphosite.org/homeAction.action（数据持续更新，静态下载每月更新）由 CST 与 NIH 联合开发的免费公共数据库，汇总经实验验证的蛋白翻译后修饰位点，涵盖磷酸化、甲基化、乙酰化、泛素化等类型，也收录部分企业未公开发表的修饰位点。数据库动态更新、交互性强，可用于探究翻译后修饰在细胞、组织中的功能，助力疾病标志物与药物靶点挖掘，支持和 NCBI、SwissProt、PDB 交叉联用。
5	InterPro	https://www.ebi.ac.uk/interpro/（每 8 周发布新版本，与 UniProt 同步）蛋白质家族、结构域与功能位点综合注释数据库，整合 Pfam、CDD 等多家成员数据库的特征模型，实现蛋白序列的家族归类、结构域及功能位点预测，辅助科研人员解析蛋白质的结构与生物学功能，配套 InterProScan 序列分析工具。
6	BioXFinder	https://bio.bcpmdata.com/（持续更新维护，官方未公布固定周期）国内首个具备手工注释的蛋白质数据库，收录 50 余万条整合多源数据的高质量非冗余蛋白条目；涵盖蛋白基础信息、序列及序列特征、功能、名称与物种谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、分子互作等多维度信息。
7	KEGG	https://www.genome.jp/kegg/（每日更新，每季度发布正式版本）京都基因与基因组百科全书。综合性生物信息学资源，覆盖基因组、基因、蛋白质、代谢通路、疾病、药物等多类数据，提供蛋白质序列、功能注释、代谢通路、信号通路解析，广泛应用于生物系统机制解析以及药物研发工作。
8	Kazusa	http://www.kazusa.or.jp/codon/（已停止更新，数据基于 2007 年 GenBank Release 160.0）日本 Kazusa 研究所开发的密码子使用偏好数据库，输入物种拉丁学名，即可获取对应物种的密码子使用频率表，可用于将氨基酸序列优化为宿主偏好的密码子序列，辅助基因表达载体设计。
9	CDD	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml（预计算注释每日多次更新，正式版本约 1–2 年一次） NCBI 开发的蛋白质保守结构域数据库，汇集大量保守结构域与蛋白序列数据。保守结构域与蛋白生物学功能高度相关，可调用 CD‑Search 工具识别序列中的保守结构域，以此完成蛋白质功能的分析与预测。